ก็อดซิลล่ากลายเป็นความทรงจำอันห่างไกลของญี่ปุ่นเมื่อการทำลายเรือดำน้ำของสหรัฐฯ ส่งสัญญาณเตือนไปยังพลเรือเอกทาจิบานะ ยูริ ลูกสาวที่ห่างเหินของเขาสืบสวนตำนานของสัตว์ประหลาดผู้พิทักษ์ที่ต้องลุกขึ้นเพื่อปกป้องญี่ปุ่นจากวิญญาณอาฆาตภายในก็อดซิลล่าที่พยายามทำลายทั้งประเทศและผู้คนจากความทุกข์ทรมานที่พวกเขาก่อในความขัดแย้งในมหาสมุทรแปซิฟิก